Bất kỳ trẻ em nào trong độ tuổi từ 8 đến 13 đều có thể đăng ký trở thành thí sinh của chương trình bằng cách đăng ký trực tuyến hoặc tham gia các cuộc tuyển sinh mở. Trong nhều năm, các thí sinh được công bố thông qua nhiều phương thức, đôi khi thông qua các cuộc thi, hoặc đôi khi các thí sinh hàng đầu được công bố một cách đơn giản.

Cũng như trong chương trình gốc MasterChef, các thử thách sau đây đều thường xuyên được đưa vào chương trình:

• Kiểm tra kỹ năng: Các đầu bếp được thử thách thực hiện một loạt các kỹ thuật hoặc phong cách nấu ăn phổ biến, hoặc mô phỏng lại một phương pháp nấu ăn cụ thể của một món ăn (ví dụ: món bít tết được nấu đến một độ chín nhất định nào đó). Loại kiểm tra này đôi khi cũng được sử dụng như một bài kiểm tra loại trừ.
• Chiếc hộp bí ẩn: Tất cả các đầu bếp đều được phát một hộp thực phẩm có các nguyên liệu giống nhau và chỉ được sử dụng những nguyên liệu đó để tạo ra một món ăn trong một khoảng thời gian nhất. Ban giám khảo sẽ dựa trân hình thức và kỹ thuật để chọn ba món ăn và nếm thử. Từ ba món ăn này, giám khảo sẽ chọn ra một người chiến thắng, người này giành được lợi thế về một số loại trong bài kiểm tra loại trừ.
• Bài thi loại trừ: Sau khi giải thích thử thách, ban giám khảo đánh giá tất cả các món ăn dựa trên hương vị và hình dáng. Ban giám khảo sẽ điểm danh những món ăn tệ nhất và phê bình chúng, sau đó họ sẽ quyết định loại ít nhất một thí sinh.
• Thử thách nhóm: Các đầu bếp được chia thành các đội bởi đội trưởng hoặc giám khảo. Phần thi này thường xảy ra trong một nhà hàng được chọn sẵn, hoặc có thể tại một nhà hàng ngẫu nhiên, và các thí sinh sẽ làm việc như nhân viên tại đó. Thực khách sẽ nếm thử món ăn của cả hai động và bình chọn món mình yêu thích. Đội chiến thắng vào tiếp vòng trong, trong khi đội thua cuộc sẽ tham gia Bài kiểm tra áp lực.
• Bài kiểm tra áp lực: Một hình thức khác của Bài thi loại trừ, các thành viên trong nhóm thua cuộc cạnh tranh trực tiếp với nhau để nấu một món ăn tiêu chuẩn trong một khoảng thời gian rất hạn chế và đòi hỏi trình độ nấu nướng tuyệt vời. Mỗi món ăn được đánh giá dựa trên hương vị, hình ảnh hấp dẫn và kỹ thuật, đầu bếp thua cuộc sẽ bị loại.

Khi chỉ còn hai hoặc 3 thí sinh trong cuộc thi, những người lọt vào vòng chung kết sẽ đấu với nhau theo hình thức nấu ba món ăn. Tất cả các món trong bữa ăn đều được đánh giá và người chiến thắng chung cuộc sẽ được trao vương miện. Người chiến thắng mỗi mùa sẽ giành được 100.000 đô la, cúp MasterChef Junior. và danh hiệu MasterChef Junior. Một số mùa giải cũng có thêm các giải thưởng khác.